Sông Sài Gòn là một phụ lưu của sông Đồng Nai. Sông bắt nguồn từ rạch Chàm, có độ cao tương đối khoảng 150 m, nằm trong huyện Lộc Ninh, tỉnh Bình Phước, rồi chảy qua giữa địa phận ranh giới tự nhiên giữa 2 tỉnh Bình Phước và Tây Ninh, qua hồ Dầu Tiếng, chảy tiếp qua tỉnh Bình Dương, là ranh giới giữa Bình Dương với Thành phố Hồ Chí Minh, hợp với sông Đồng Nai thành hệ thống sông Đồng Nai, đổ ra biển. Ở thượng lưu sông chảy theo hướng bắc - nam, trung lưu và hạ lưu sông chảy theo hướng tây bắc - đông nam.. Sông Sài Gòn dài 256 km, chảy dọc trên địa phận Thành phố Hồ Chí Minh khoảng 80 km, có lưu lượng trung bình vào khoảng 54 m³/s, bề rộng tại Thành phố khoảng 225 m đến 370 m, độ sâu có chỗ tới 20 m, diện tích lưu vực trên 5.000 km².Hồ Dầu Tiếng được xây dựng nhằm điều tiết dòng chảy, hạn chế lũ và xâm nhập mặn ở hạ lưu, đồng thời cung cấp nước cho Tây Ninh, khu vực tây bắc Thành phố Hồ Chí Minh và Long An. Hồ Dầu Tiếng ngăn dòng từ ngày 24-6-1984 đã làm ảnh hưởng đến dòng chảy tự nhiên của sông Sài Gòn.